#!/bin/bash
#用法说明
usage(){
        echo "Usage: $0 -s <file> -i <path> -o <path>"
        echo
        echo "Options:"
        echo "  -h, --help           Show this help message"
        echo "  -s, --species        Enter a file containing name of species"
        echo "  -i, --inputpath      Directory of the raw file"
        echo "  -o, --outpath        The target directory contains file symbolic links"
        echo
        exit 0
}

while [ $# -gt 0 ]; do
        case "$1" in
                -h|--help)
                        usage
                        ;;
                -s|--species)
                        species="$2"
                        shift 2
                        ;;
                -i|--inputpath)
                        inputpath="$2"
                        shift 2
                        ;;
                -o|--outpath)
                        outpath="$2"
                        shift 2
                        ;;
        esac
done


# 根据物种名（输入文件，--species 传进去）和物种信息表（20250814_cell_species.csv）将bed文件、蛋白序列文件(.prot.fasta)、CDS序列文件(.CDS.fasta)软连接到指定目录下
# 并且生成bed_fasta_data.csv和prot_bed_fasta_data.csv表，是需要入库的
# 运行search_species_file.py脚本，根据物种名在/data/genome/IMP（数据所在路径，--input 传进去）中去查找上述三个文件是否都生成，如果都生成，则将其软链接到/home/huangyun/IMP/update/data目录下（目标路径，--output 传进去）
# 同时按照入库需要的数据格式分别针对bed文件和蛋白序列文件生成prot_bed_fasta_data.csv，针对bed文件和CDS序列生成bed_fasta_data.csv
# 结果：在目标目录下存在物种的bed文件、蛋白序列文件(.prot.fasta)和CDS序列文件(.CDS.fasta)软连接；prot_bed_fasta_data.csv和bed_fasta_data.csv文件

# 新建目标目录
mkdir -p ${outpath}
#python search_species_file.py --species species --input /data/genome/IMP --output /home/huangyun/IMP/update/data
python search_species_file.py --species ${species} --input ${inputpath} --output ${outpath}

# 将bed文件、蛋白序列文件、CDS序列文件、bed_fasta_data.csv、prot_bed_fasta_data.csv上传到服务器上

#rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' ${outpath}/*.bed admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/bed/ 
#rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' ${outpath}/*.CDS.fasta admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/CDS/ 
#rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' ${outpath}/*.prot.fasta admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/prot/
#rsync -avzpL -e 'ssh -p 2222' ${outpath}/bed_fasta_data.csv ${outpath}/prot_bed_fasta_data.csv admin@49.7.230.87:/var/www/html/SynColV/public/data/system/
#ssh -p 2222 admin@49.7.230.87 'mysql -uSynCoIV -pSynCoIV@ehBIO01 SynCoIV </var/www/html/SynColV/public/data/system/load.sql'
